水冷式超低温真空冷冻干燥机对环境温度不敏感，不过它对冷却水的要求更高，但水冷式的安装较风冷式复杂；冻干机起源于19世纪20年代的真空冷冻干燥技术经历了几十年的起伏和徘徊后，在的20年中取得了长足进展。主机与真空泵之间由真空管连接，连接处采用卡箍。卡箍内含一只密封橡胶圈，连接前可在橡胶圈上涂抹适量真空脂，再用卡箍卡紧。
冷干机的作用就是把空气冷却，让水份冷凝排除掉！原理就是通过冷却让空气中的水分冷凝除掉，从而得到更清洁的空气。当流体经过过滤器中具有一定精度的滤芯后，其杂质被阻挡，而清洁的流物通过滤芯流过滤器滤芯能够使受到污染的介质被净化，冷冻干燥机使用前，先将准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，使物品完全冰冻结实，方可进行冷冻干燥。
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