水冷式超低温真空冷冻干燥机对环境温度不敏感，不过它对冷却水的要求更高，但水冷式的安装较风冷式复杂；冻干机起源于19世纪20年代的真空冷冻干燥技术经历了几十年的起伏和徘徊后，在的20年中取得了长足进展。主机与真空泵之间由真空管连接，连接处采用卡箍。卡箍内含一只密封橡胶圈，连接前可在橡胶圈上涂抹适量真空脂，再用卡箍卡紧。
冷冻干燥机使用前，先将准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，使物品完全冰冻结实，方可进行冷冻干燥。主机的右侧板上设有真空泵的电源插座，将真空泵的电源线连接好。检查真空泵，确认已加注真空泵油，不可无油运转。油面不得低于油镜中线。 通常情况下，为了提高超低温真空冷冻干燥机的质量稳定性，生产工厂会结合用户要求与相关标准和气候等因素把超低温真空冷冻干燥机进行标准化。
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