空气先经预冷器降温除去一部分水，再经蒸发器大幅度降温除去大量的水，通过挡水板或汽水分离器把冷凝水排到隔污桶，再经排水器排出。
制冷原理与换热原理
制冷原理：系统工作时，压缩机将蒸发器所产生的低压低温制冷剂蒸汽吸入汽缸内，经压缩后压力升高(温度也升高)到稍大于冷凝器内的压力时，将高压制冷剂蒸汽排到冷凝器中。所以压缩机起着压缩和输送制冷剂蒸汽的作用。
与已经从蒸发器出来被冷却到压力的冷空气进行热交换，使压缩空气的温度进一步降低。之后压缩空气进入蒸发器，与制冷剂进行热交换，当流体经过过滤器中具有一定精度的滤芯后，其杂质被阻挡，而清洁的流物通过滤芯流过滤器滤芯能够使受到污染的介质被净化，主机与真空泵之间由真空管连接，连接处采用卡箍。卡箍内含一只密封橡胶圈，连接前可在橡胶圈上涂抹适量真空脂，再用卡箍卡紧。
从空压机出来的热而潮湿并含有水份的压缩空气首先经过空气对空气热交换器预冷却;然后经过预冷却的空气，在空气对冷媒热交换器被冷干机的冷冻剂循环回路进一步冷却，水冷式超低温真空冷冻干燥机对环境温度不敏感，不过它对冷却水的要求更高，但水冷式的安装较风冷式复杂；进入21世纪，真空冻干技术凭借其它干燥方法无法比拟的优点，越来越受到人们的青睐，除了在、生物制品、食品、血液制品、活性物质领域得到广泛应用。
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