冷冻式干燥机应安装在环境温度为2-45℃，四周通风良好，空气洁净的建筑物内；特别是避免空气中含有腐蚀类成份（如氨）。当室内机房通风条件不良时，需在机房内安装换气排风设备。
冷干机与空压机之间至少有4-5米的距离，以防止空压机产生的振动影响冷干机正常运行。
风冷型冷干机的进风口与墙体距离1.5m以上，两台干燥机的进风口与排风口不能面对面。冷干机四周应留有一定的空间，以方便维修和日常维护。
与水冷式超低温真空冷冻干燥机相比，风冷式超低温真空冷冻干燥机对环境要求较高，但安装方便、使用简单。冻干机起源于19世纪20年代的真空冷冻干燥技术经历了几十年的起伏和徘徊后，在的20年中取得了长足进展。但是也有一部分水雾在经过过滤器时被集中和除去。冷冻干燥机过滤器的主要作用是过滤压缩空气中的固体颗粒。
从空压机出来的热而潮湿并含有水份的压缩空气首先经过空气对空气热交换器预冷却;然后经过预冷却的空气，在空气对冷媒热交换器被冷干机的冷冻剂循环回路进一步冷却，水冷式超低温真空冷冻干燥机对环境温度不敏感，不过它对冷却水的要求更高，但水冷式的安装较风冷式复杂；进入21世纪，真空冻干技术凭借其它干燥方法无法比拟的优点，越来越受到人们的青睐，除了在、生物制品、食品、血液制品、活性物质领域得到广泛应用。
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